学校因为学生不跟去工厂实习而扣留毕业证，是

学校无故扣留毕业证不合法。依据《教育法》等，学校无权非法扣留学生毕业证。长期扣留可能影响学生就业及后续发展。
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学校扣留毕业证，学生可协商、举报或诉讼处理。先尝试与学校沟通协商；无果则向教育局举报；仍无法解决可提起行政诉讼。
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学校扣证不合法。处理方式：1.与学校沟通，了解扣证原因，要求合理解释；2.若沟通无果，向教育局举报，附上相关证据；3.必要时，寻求法律援助，提起行政诉讼，维护自身权益。