如果公司替员工缴纳个税，在计算经济补偿的时

需要算入个税。法律依据：《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》。经济补偿金需按税法规定计算个税，未及时处理可能导致税务违规，产生滞纳金或罚款。
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需要算个税。操作如下：1. 计算员工经济补偿金总额；2. 根据当地上年职工平均工资3倍标准判断是否免税；3. 超出部分按税法规定计算个税；4. 支付时一次性代扣，并于次月7日内缴入国库。
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常见处理方式为代扣代缴。选择处理方式时，应依据员工经济补偿金数额及当地上年职工平均工资标准，判断是否需要缴纳个税，并按规定代扣代缴。